なるほど、そんな風に言われたら子どもの体を傷つけるような成分が混入してしまうんじゃないかと心配になってしまいますよね。

まず、「電磁波」というのは、「音波」と同じで、機械が止まれば、すぐ消えてなくなります。
イメージとしては、私たちが「こんにちは」と言うと、その時は「音波」という形で声がその場に現れますが、しゃべり終わったらすぐに消えてしまいますよね、それと同じようなことです。

マイクロ波が原因で人体に有害なものができる可能性…たとえば、「焦げ」のような酸化反応は、人体に良いとは言えないかもしれませんね。
しかし、火の調理でできた「焦げ」と、マイクロ波の調理でできた「焦げ」は、どちらも食材の炭素などが酸素と結合したものであり、成分的に違いはないと考えられます。
また、「焦げ」がどのくらい有害かという程度問題を考えても、日常的な食事の範囲で、あきらかに食事が原因の害を生じさせることは難しいんじゃないかなと思います。

レンジも火の調理も、その目的は「食材の分子を激しく振動させること」でどちらも同じなので、レンジだけが有害なものを発生させるとは考えにくいです。

理科が得意であっても苦手であっても、「これは実は危ないよ」と言われて、それを「そんなことない！」と否定することは、普通はなかなかできないんじゃないかなと思います。
しかし、「多少の・本当かどうか分からない」有害性を避け続けるよりも、「楽しく暮らす」ことの方が、長期的に見ると圧倒的に健康に良い影響を与えることができると考えられます。
なので、「不安になるような情報は見ないことを頑張る」のも一つの手かもしれません。